Bộ Y tế đang triển khai xây dựng đề án tham mưu thành lập Đại học Sức khỏe tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh, với mô hình ba cấp bao gồm các trường đại học thành viên, với nền tảng nâng cấp từ Trường Đại học Y Hà Nội và Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh. Việc phát triển này sẽ giúp phân cấp trách nhiệm, quản lý, đồng thời sẽ phát huy được nội lực của hai đơn vị đào tạo y khoa mạnh nhất cả nước.

Hiện tại mỗi khoa của Đại học Y Dược có những cơ sở riêng, quy mô tương tương với nhiều cơ sở đang tiến hành đào tạo nhân lực cho ngành y, và sau sẽ được nâng cấp lên thành các trường đại học thành viên, trực thuộc một mô hình viện đại học tổng thể. Trong tương lai, Khoa Y, Khoa Dược,... sẽ được đổi thành Trường Đại học Y, Trường Đại học Dược - Đại học Khoa học Sức khỏe Thành phố Hồ Chí Minh.[3][4]